Aloa,
Wie Silvan (thx :)) bereits erwähnt hat, habe ich beide, den NSX seit 5 Jahren (gegen Integra eingetauscht), den S erst seit 1/2 Jahr. Ich habe hier im Forum (glaub ich) schon mal einen 'kurzen' Bericht zum NSX abgegeben. Bitte suchen, bevor ich Bände erzähle :).
Beide Autos sind ja gewissermassen ihrer Zeit etwas vorausgewesen, der NSX ganz besonders, aber das spielt keine so grosse Rolle wer wieviel. Was wirklich fest steht, ist, dass der NSX wahrscheinlich in den nächsten Jahren (wenn überhaupt) von Honda nie mehr in dieser Form mehr gebaut wird. Der Nachfolger wird Aston Martin-Konkurrent, hört man auf die Spekulationen. Der S wird wahrscheinlich auf 8k rpm 'kastriert'.
Dafür gibt's mehr Drehmoment. Der NSX ist schon Sammlerobjekt, Preise über 40'000.- deuten das an. Wert stabil. Der OEM-S (vor allem die Nicht-Hausfrauen-Jahrgänge :), d.h. bis ca. 2002) wird künftig wohl auch kaum unter 25'000.- gehandelt, ein OEM und gepflegtes Exemplar vorausgesetzt. Siehe Integra.
Ich bin schon am Philosophieren, mir sei verziehen, bin schon älter. 
Zur Beschleunigung: Die PS beschleunigen ja nicht, sondern die Nm, welche auf die Getriebeübersetzung treffen. Der NSX hat fast 50 % mehr davon, das 'spürt' man sehr gut.
Wer vom NSX in den S umsteigt, vermisst dieses Drehmoment. Stock hat ein NSX (91-94) sehr lange Beine (langer zweiter Gang bis 130 km/h). Das hemmt etwas die 'gefühlte' Beschleunigung, Rikli schafft aber gerne Abhilfe mit kurzem Getriebe (ab 95 Jg.). Der S hat immerhin 240 PS, aber die Leistung fällt sehr spitz aus. Unter 6000 rpm muss man etwas warten, bis er loslegt. Der NSX zieht immer und überall, selbst bei 1500 rpm. Die Leistungskurve des NSX ist 'bauchig' ausgelegt. Ist souveräner zu fahren. Beide sind ja etwa gleich schwer. Das Motorgeräusch ist mit dem S nicht zu vergleichen. Die Beschleunigung wie ein Handkantenschlag.
Es gibt Leute, die dem NSX zuwenig Leistung nachsagen, vor allem im Vergleich zum S. PROVOKATION ON Um es etwas plakativ zu sagen: Ich bin mit meinem S den NSX hinterhergefahren. Bevor ich in die Drehzahlen kommt, hat mich der NSX mit seinen Auspuffgasen bereits eingenebelt.
Selbst wenn ich im richtigen Gang wäre, werde ich vom Drehmoment des NSX geschlagen. PROVOKATION OFF
Nicht zu vergessen, dass man beim S sehr viel Geld reinstecken kann, um ein paar Nm zu gewinnen. Der S ist in meinen Augen ausgereizt. Mein S ist Stock und hat am Leistungstest überdurchschnittlich gut abgeschnitten (ok, vergessen wir die statistische Streuung :D). War selbst etwas überrascht.
Beim NSX geht es mit ein paar einfachen Massnahmen relativ schnell um einige Nm/PS aufwärts. Micha hat dank Comptech-Auspuff den Dyno gewonnen, congrats.
Ein Fächer und schon sind 10 Nm mehr da usw.
Fahrwerk: DIE Stärke des S. Der S liebt Kurven, ein Kurvenjäger sondergleichen. Der NSX ist hier wesentlich ruhiger, schon fast indirekt, halt bis Geschwindigkeiten über 250 ausgelegt, nicht so giftig und einlenkwillig, darf er dann auch nicht sein. Ein S-Fahrer wird vom Fahrverhalten eines NSX fast etwas enttäuscht sein. Nicht, dass das Fahrwerk oder die Abstimmung des NSX schlecht wäre, im Gegenteil, sie ist sehr gut, immerhin hat Ayrton Senna Pate gestanden, aber der S wurde explizit als Kurvenjäger ausgelegt. Auf schnellen Autobahnetappen bekommt man beim S halt eher mal feuchte Hände, es braucht mehr Konzentration, während man beim NSX auch bei v>200km/h mal ein Sandwich reinschieben kann, wie ein Kollege meint. 
Beide haben ihren Reiz, hängt davon ab, was man möchte. Um schnell von 0-100 zu kommen, kann man sich auch einen runtergenudelten Pampersbomber kaufen.
Der S ist halt etwas wirtschaftlicher als der NSX. Der NSX ist für mich immer noch Inbegriff eines der perfektesten Fortbewegungsmittel, das Eigenschaften wie Sportlichkeit, Schönheit, Allroundtauglichkeit, Zuverlässigkeit und Wirtschaftlichkeit in sich vereint. Einer der besten Wagen, die zwischen Himmel und Erde jemals gebaut wurden. Von den deutschen Zeitschriften stiefmütterlich behandelt, von den Ferraristi als 'Japan-Ferrari' verspottet darf nicht vergessen werden, dass Honda bei diesem Fahrzeug tief in die Trickkiste griff (unzählige Patente). 91 war dieses Fahrzeug DIE Sensation, die man von Honda nie erwartet hätte. Aber wenn schon ein Japaner, dann Honda, war damals die allgemeine Meinung.
Wirtschaftlich gerechnet hat sich der NSX nicht, war auch nicht gedacht, denke ich, wenngleich dazumal einige Ferrari-Eigner auf den NSX (zwischenzeitlich) umgestiegen sind, um etwas Reparaturkosten zu sparen. 
Da wurde kein Aufwand gescheut und (für Honda typisch) die Grenzen neu zu definieren versucht. Mit einem NSX kauft man sich eine ganz gehörige Portion Honda-Geschichte. Unvergessen sind auch die Knipsi-knapsi, wenn man in Zürich an einer Gruppe japanischer Touristen vorbeifährt. 
Ein ganz spezielles Vergnügen, solange es noch Erdöl gibt. 